1987’de Belkıs Tepesi’nin güneyinde,Gaziantep müzesi tarafından ilk kazı çalışmaları başlatılmıştır.Anakaya’ya oyulmuş oda mezar ve önünde yapılan kazıda,kaçakçılardan arta kalan çok sayıda heykel bulunmuştur.1992’de Belkıs Ören Yeri bekçisinin haber vermesi üzerine antik kentin orta bölümündeki Ayvaz Tepesi’nin kuzeydoğu yamaçlarında definecilerin açtığı bir tünel bulunmuş.İçerde ise;tabanın figürlü mozaiklerle kaplı olduğu görülmüştür.Böylece başlayan kazılarda bir Roma villası ve sanatsal yönden oldukça değerli taban mozaikleri ortaya çıkartılmıştır.1993’te Avustralya’dan David Kennedy’nin bir dönem katıldığı kazıda,bir villa terasındaki mozaik döşemede ortadaki panonun içinde yer aldığı anlaşılan biri kadın,diğeri erkek oturan iki figürün dizinden yukarısının kesilerek çalındığı anlaşılmıştır.Daha sonra A.B.D’de Menil Collection bulunduğu anlaşılmıştır.Bu parçalar Türkiye’ye getirilmiştir. 1995 yılında West Avustralya Üniversitesi’nden gelen arkeoloji ekibinin katılımıyla çalışmalar ilk kez uluslar arası düzeye ulaşmıştır.1996-99 yıllarında Fransa’nın Nantes Üniversitesi’nden Dr.Caterina Abadi Reynal ile Gaziantep Müzesi birlikte çalışmalar yapmıştır.Bu katılımla Belkıs kenti tümüyle ele alınmıştır.2000 yıllarında Birecik baraj gölü altında kalacak Belkıs Mezarlık Üstü mevkiinde Gaziantep Müze Müdürlüğü’nün kurtarma kazıları yoğunlaşmıştır.